财政部与科技部联合发布《关于深化中央财政科技计划(专项、基金等)管理改革方案》，提出了科技投入领域多项重大改革举措。业内人士表示，我国科研体制“九龙治水”导致科技活动“碎片化”、“聚焦难”，并产生大量浪费甚至腐败，必须深化改革逐一破解。

         科技部资源配置与管理司司长张晓原认为，长期以来，我国的各种科研计划针对不同的问题提出，分别由不同的部门管理，不同科技计划之前缺乏顶层设计，缺乏互相沟通协调。由于计划的多头管理，各部门通气不够，条块分割造成资源配置碎片化，导致科研项目聚焦不够，项目多头申报。

首先，科研体制“九龙治水”、“碎片化”行政特征明显。根据相关部门统计，2012年，中央财政2613多亿科研经费分配给了40多个部门和央企，比如科学基金168亿元，一家研究机构54.4亿元，工信部58亿元，发改委51.7亿元，中石油32亿元，卫计委28亿元，农业部19.2亿元，教育部8.6亿元，环保部7.8亿元等等。

有业内人士指出，40多个部门一共出台了100多个科技计划，必然存在课题重复的现象。此外，每个计划背后都有一个单位，这给管理带来了很大难题。如果不改革顶层设计，根本没有人能够统筹这些科技计划。

      记者在调研中了解到，地方科研项目同样存在严重的重复浪费、撒胡椒面现象。根据全国政协统计：2013年，全国公共财政科技支出超过5000亿元，地方财政科技支出与中央支出大体相当。而省市科技、教育部门，在分配科研经费中，“撒胡椒面”也是常见方式。审计结果显示，湖南省科技厅2012年安排的3578个科技项目中，接近四成项目金额不超过两万元;福建省教育厅2011年分配的800万元科研经费，平均每个项目不到1万元。

       某省曾对该省一个科技创新型城市进行的科技资源分布情况调查显示，该市有800多家检验检测机构，分属政府部门、高校、科研机构、企业等多个领域，各自为政，没有形成合力;科研仪器、检验设备重复购买，利用效率低。比如气相、液相色谱仪，每台价格至少几万元，仅有10%能够满负荷运转，50%的使用率不超过25%，10%的设备购置回来后从未使用过。